El Ex convento de San Juan Evangelista alberga en su interior un Museo de Sitio, el cual consta de seis salas.

Tres de ellas abarcan el Periodo Prehispánico, y una sala colonial donde se exhiben piezas halladas durante las excavaciones que se llevaron a cabo como parte de un proyecto de rescate arqueológico. El Instituto Nacional de Antropología e Historia (I.N.A.H.) decide conformar el Museo de Sitio en noviembre de 1995, fecha en que abre sus puertas al público integrando cuatro salas que se encuentran ubicadas en el claustro alto, en el pasillo sur oriente; a fines de 2003 se anexaron dos salas más. Las salas se encuentran en cinco de las doce celdas que fueron aposentos de los frailes.

La exposición permanente, es el acervo que se obtuvo en las zonas aledañas al inmueble, y que abarca desde el origen del señorío autónomo Culhua (700 d.C.) hasta la llegada de los españoles, y que corresponden a los aspectos relevantes de las actividades que los frailes desarrollaron en este pueblo, durante su permanencia por cerca de 300 años.